POP3 ja IMAPi peamine erinevus seisneb selles, kuidas e-posti kliendid (e-posti lugemise programmid) käituvad kirjadega serveris.
POP3 (Post Office Protocol) protokolli kasutades laetakse kõik kirjad serverist alla, sinna kuhu postkast on seadistatud (näiteks arvuti või telefon). Tänapäeval on ka POP3-e kasutades võimalik enamike programmide puhul muuta seadistust jätmaks koopia alla laetud kirjast serverisse. Outlooki puhul on selleks vaikimisi seadistus hoida kirju serveris viimased 14 päeva.
IMAP (Internet Mail Access Protocol) protokolli kasutades hoitakse nii vastu võetud kui saadetud kirju korraga serveris kui ka selle lugemise tarkvaras. Antud protokolli kasutamisel saame me kirjadest ka igaöiseid varukoopiaid teha, mistõttu on see valik turvalisem juhuks kui Teie arvuti peaks rivist välja minema.
