Galvenā atšķirība starp POP3 un IMAP ir tā, kā e-pasta klienti (programmas e-pasta lasīšanai) rīkojas ar ziņojumiem serverī.
Izmantojot POP3 (Post Office Protocol), visas vēstules tiek lejupielādētas no servera uz ierīci, kur pastkaste ir iestatīta (piemēram, datoru vai tālruni). Mūsdienās vairums programmu ar POP3 ļauj iestatīt, lai serverī saglabātos kopija. Outlook gadījumā noklusējuma iestatījums ir saglabāt e-pastus serverī 14 dienas.
IMAP (Internet Mail Access Protocol) protokols saglabā gan saņemtās, gan nosūtītās vēstules gan serverī, gan e-pasta klientā. Šī protokola izmantošana ļauj arī veidot nakts rezerves kopijas, padarot to par drošāku izvēli gadījumam, ja jūsu dators pārstāj darboties.